Elle rassemble le plus de curiosités. Dès l’entrée, le regard tombe sur une horloge monumentale, descendue du clocher de la chapelle. En face, des broderies anciennes, dont un véritable chef-d’œuvre : une chape brodée au fil d’or, primée à l’exposition universelle de 1900. Côté fenêtres, une exposition de monnaies françaises et étrangères domine les collections de médailles commémoratives, de décorations et d’ex-voto. 

Elle est réservée aux sciences naturelles. On peut y voir en permanence une collection de roches et de minéraux. La variété des formes et des couleurs, ainsi que leur classement, sont dictées par une intention pédagogique. Dans la même salle, on peut voir, également une collection de fossiles des divers étages géologiques. Dans une série de vitrines est présentée une collection de coquillages, aux formes les plus bizarres.

Comme son nom l’indique, la « Salle des souvenirs » abrite des souvenirs du saint de Bétharram, d’humbles choses qui furent à son usage : chapelet, rasoir, lunettes, sa canne basque, habits sacerdotaux… C’est la partie la plus touchante du musée, parce qu’on sent y palpiter une vie proche de la nôtre. La vie d’un homme d’un autre temps, mais d’un homme de chez nous.

La chambre de saint Michel

Une simple vitre sépare la salle des souvenirs de la chambre où mourut saint Michel Garicoïts. De l’ancien monastère, on a conservé le misérable recoin où le supérieur de la maison, le père Garicoïts, après ses journées harassantes, disputait à la nuit quelques heures de repos. Ce n’est pas sans une certaine émotion qu’on peut voir aujourd’hui un bureau,  une chaise, un pauvre lit. De sa fenêtre, saint Michel voyait chaque jour l’arche du vieux pont se projeter sur une aube nouvelle, une aube qui l’appelait à une rude besogne ; l’appel de Dieu auquel jamais il ne faillit… jusqu’à l’aube du 14 mai 1863, où il vit la lumière éternelle se lever sur ses jours.